如果你的菌株是自然界中分離得到,就只能鑒定到種,不能鑒定到株,因為多多少少和其他株系的細菌有區別,即便你做了一些特征的鑒定,發現和某一株細菌一模一樣,你也沒有理由說你的細菌就是那一株細菌,因為你不可能把所有的特征都做完,株和株之間的關系就相......
更多菌種鑒定一般就只要提取基因組DNA,然后PCR擴增16srDNA片段,上GeneBank或者Eztaxon對比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認為是同種細菌
更多利用rRNA的保守區域進行鑒定只是菌種鑒定的一個分子生物學指標,通過鑒定結果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪個種屬比較接近。如果鑒定至種,還需要DNA雜交、基因組GC含量、生理生化指標等來綜合判斷。
更多如下圖,測序峰圖到300多bp就中斷了。原因:變性后的單鏈在該處很有可能互補或在全序列中有大的特殊結構,造成嚴重的二級結構,使dNTP和ddNTP不能和模板結合,測序酶無法正常延伸。解決方法:酶切,做亞克隆測序
更多測序過程中最常見的問題是雙峰,導致整個結果不可用。明明挑的是單克隆,為什么還會碰到雙峰呢?其實導致雙峰的原因是多種的,雙克隆只是其中的一原因,而且不同的起因在峰圖上表現出不同的特征,通過對峰圖的分析找出雙峰的起因是解決問題最直接的方法。雙克......
更多堿基缺失其實是雙模板的一種特殊形態,指某一樣品在某一堿基后包含兩類片段,其中一條片段比另一條片段少(或多)幾bp或幾十bp,因此在峰圖上表現為從某處開始為兩個峰的疊加,堿基缺失多發生在PCR測序中,并在峰圖上表現出一定的規律。一個模板比另一......
更多PolyA/T結構通常致其后的峰圖出現重疊峰,PolyG/C 結構通常致其后的峰圖出現信號衰減。Poly結構是導致測序失敗最常見的原因之一,目前還沒有非常有效的方法徹底解決Poly結構的影響,但一般而言,PCR樣品Poly結構后雙峰的概率非......
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